перепланировка и реконструкция нежилого помещения

Все таки в данном случае, я думаю суда не избежать. Просто изначально, перед судом сделайте строительную экспертизу на счет грамотности произведенной перепланировки, о том, что не наррушаются СНиПы, права и интересы соседей, санитарно-эпидимиологическое состояние помещения от перепланировки не пострадало и т.п. После этого обратитесь в суд. Если уж действительно Ваша перепланировка была назаконной Администраиця давно бы подала сама на Вас в суд, у них есть на это право. А раз уж они не подают (есть же акт ввода объекта в эксплуатацию). значит перепланироква фактически произведена надлежащим образом. Остается только ее узаконить, но сделать это можно теперь только через суд.